Junto a la importancia de las asignaturas llamadas “formales”, el Instituto San Fernando, de acuerdo al Proyecto Educativo Marista en Chile, ha sido pionero en la comuna de Colchagua en la implementación de diversos talleres y academias extra programáticas, las cuales se han insertado adecuadamente en el modelo pedagógico del colegio.

Desde Pre Kínder hasta 4° medio, los alumnos (as) pueden acceder a diversas academias de formación general y electiva, las cuales ya están funcionando plenamente de acuerdo a los horarios que fueron entregados y publicados a toda la comunidad educativa del colegio.

Entre estos talleres y academias, se destacan:

- Academia de Folclore
- Taller de Manualidades
- Academia de Periodismo
- Avanzado de Historia
- Academia de Ciudadanía y Liderazgo
- Taller de Fotografía
- Taller Científico
- Deportes (voleibol, básquetbol, fútbol, atletismo y gimnasia)
- Artes (música, teatro, artes visuales y audiovisual)
- Grupos Pastorales.

Todo esto acompañado con la infraestructura adecuada y con el personal docente altamente capacitado y motivado para estas funciones.